#!/bin/bash set -e unset LANG # Installation de LMDZ et PHYEX # ============================= # # Auteurice : Najda Villefranque. Fréjus, mai 2023 # ----------- # # Script écrit par Najda Villefranque à l'atelier Fréjus 2023 # pour péréniser l'installation du couplage LMDZ/PHYEX mis # au point par Sébastien Riette, Quentin Rodier, Yann Seti, # Najda Villefranque, Jean-Baptiste Madeleine et Frédéric # Hourdin # # Principe: # --------- # # LMDZ est récupéré via la logistique install_lmdz.sh # (les sources sont gérés sous subversion mais on récupère un tar) # git clone d'une version de PHYEX contenant des sources spécifiques # pour LMDZ. # # Mises à jour principales: # ------------------------- # # - *27 mai 2023 (FH)*: # On repart du install_lmdz.sh standard # On fait une installation ultra rapide sans compiler # On teste si on a déjà installé Netcdf # # - *5 juin 2024 (FH)*: # Recupération des versions développées à Lege en 2024 # Et lancement d'un test 3D # # - *7 octobre 2024 (AI)*: # Depart d'une version recenete de Phyex validee pour LMDZ # version git : de1ca4b (commit du 6 sep, 2024) # depart de la version post Lege (FH) # Couplage avec le rayonnement # # FH : Frédéric Hourdin # AI : Abderrahmane Idelkadi #================================================================ # main function # ============= # # Cette fonction est exectutée toute à la fin et est une suite # d'appels aux différentes fonctions function main { default_settings installing_lmdz installing_lmdz_1d downloading_phyex merging_lmdz_with_phyex running_phyex } # Defaults , directories, options # =============================== function default_settings { # Choix de la version de physiqex_mod.F90 version_physiqex=git # Version du git phyex. Conseillé hors dev et beta tests version_physiqex=Lege # Lege/20240605/git, premiere version 3D version_physiqex=Frejus # Frejus/20230528/git, premiere version de ArmCu version_physiqex=Paris # Paris/20260421, version couplée avec le transfert radiatif ESKEFREDHOAREPAREMAKEMAKE=BEN_OUI_BIEN_SUR ON_A_NETTOYE_LES_NOMS_DE_FICHIERS_DIRECTEMENT_DANS_PHYEX=0 lancer_le_1D_avant_liens_phyex=1 lancer_le_1D=1 lancer_le_3D=0 rad=oldrad # oldrad/rrtm/ecrad day_step=1440 # Pour memoire : anciennes versions testées case $version_physiqex in git|Frejus) # Combinaison post Frejus commit=9815a0ea679f079e88581b6ee06f0d8ca53ee62b version='-v 20230529.trunk -unstable' # Version utilisee côté le CNRM svn_install=4552 ;; Lege) # Combinaison post Lege version='-v 20240508.trunk' svn_install=4938 commit=ec18f73bcbda41cce7858c0ca509fbf947453019 ;; Paris) # Combinaison Paris #version='-v 20241121.trunk' version='-v 20260420.trunk -unstable -r 6182' version='-v 20260512.trunk' commit=de1ca4b62f0b0b383f9d5f21faed0233fda9018c # OK #commit=5a552ef92ae4ee5b5646f6762d6763ecf35679ac # Special LMDZ # commit=bd6655bf10572f21811e934f6422cd13f3738a57 # recent svn_install=6182 esac # CAS Leg, Frejus et git on doit pas compiler avec ecrad # if [ $rad = ecrad ] ; then if [ $version_physiqex = Lege -o $version_physiqex = Frejus -o $version_physiqex = git ] ; then echo Ne compile pas avec ecrad, problem de conflit sur yomhook exit fi fi ############################################## # INIT ENVIRONNEMENT DE TRAVAIL # ############################################## lmdz_name=LMDZ`echo $version | sed -e 's/ //g' -e 's/\-v//' -e 's/\-unstable//' -e 's/\-r/r/'` lmdzdir=`pwd`/$lmdz_name phylmd=${lmdzdir}/modipsl/modeles/LMDZ/libf/phylmd/ phyex=${lmdzdir}/PHYEX #svn_rel=6182 wdir=$HOME/work/dephy/frejus/couplage_phydyn/ wdir=/tmp/phyex wdir=`pwd` mkdir -p $wdir cd $wdir } # Installing LMDZ # =============== function installing_lmdz { # Setting LMDZ name and directory # ------------------------------- if [ -d $lmdzdir ] ; then echo Le repertoire $lmdzir est deja present echo Le detruire ou sauvegarder avant de relancer exit fi # Getting install_lmdz.sh with imposed revision # --------------------------------------------- lmdz_svn_path=https://svn.lmd.jussieu.fr/LMDZ install_lmdz=install_lmdz_$svn_install.sh if [ ! -f $install_lmdz ] ; then svn checkout $lmdz_svn_path/BOL/script_install ./ --depth empty svn up -r $svn_install install_lmdz.sh mv install_lmdz.sh $install_lmdz fi # Running install_lmdz.sh # ----------------------- echo '##################################################################' echo ' Installation de LMDZ' echo ' -bench 0 tant qu on ne fait que du 1D' echo ' -netcdf $wdir/netcdf pour compiler netcdf une fois pour toutes' echo log dans $wdir/log.$$ if [ -d ~/LMDZ/pub ] ; then nc_d=~/LMDZ/pub ; else nc_d=$wdir/netcdf ; fi time ( bash $install_lmdz $version -bench 0 -rad $rad -netcdf $nc_d -name $lmdz_name > $wdir/log.$$ 2>&1 ) echo '##################################################################' svn_rel=`svn info $lmdzdir/modipsl/modeles/LMDZ | grep 'Last Changed Rev:' | awk ' { print $NF } '` } # Installing 1D # ------------- function installing_lmdz_1d { cd $lmdzdir wget https://lmdz.lmd.jussieu.fr/pub/1D/1D.tar.gz tar xf 1D.tar.gz cd 1D sed -i'' -e 's:^listecas=.*$:listecas="arm_cu":' -e 's/^rad=.*$/rad='$rad'/' -e 's/^day_step=.*$/day_step='$day_step'/' run.sh sed -i'' -e 's/^rad=.*$/rad='$rad'/' bin/compile cd INPUT/PHYS sed -e '/aller dans config.def/s/^.*$/iflag_physiq=1/' physiq.def_6A >> physiq.def_PHYLMD sed -e '/aller dans config.def/s/^.*$/iflag_physiq=2/' physiq.def_6A >> physiq.def_PHYEX # Lancement eventuel automatique du 1D if [[ $lancer_le_1D_avant_liens_phyex == 1 ]] ; then cd $lmdzdir/1D/ time ./run.sh > avant_modif.log$$ 2>&1 mv EXEC EXEC0 ; cp -f run.sh run0.sh fi } # DOWNLOADING PHYEX # ================= function downloading_phyex { # Utiliser la variable commit pour viser des revisions robustes # de phyex pour des tests systématiques une fois le couplage finalisé if [ ! -d $phyex ] ; then cd $lmdzdir git clone https://github.com/UMR-CNRM/PHYEX.git fi cd $phyex git checkout master git pull origin master git checkout $commit } # LINK PHYEX SOURCES IN LMDZ function merging_lmdz_with_phyex { cd $phylmd cp -r . ../phylmdorig ln -s $phyex/src/common/*/* . ln -sf $phyex/src/lmdz/aux/* . sed -e 's/D%NIJE =.*$/D%NIJE=KLON/' -e '/PHYEX%MISC%TLES%LLES/aPHYEX%MISC%TLES%LLES_CALL=.FALSE.' $phyex/src/lmdz/ext/mode_init_phyex.F90 > mode_init_phyex.F90 # Pour les routines en commun on ne fait pas des liens. # Pour le moment on utilise le output_physiqex_mod.F90 de la svn LMDZ # mv output_physiqex_mod.F90 output_physiqex_mod.orig # cp -f $phyex/src/lmdz/ext/output_physiqex_mod.F90 . mv physiqex_mod.F90 physiqex_mod.orig case $version_physiqex in git) cp $phyex/src/lmdz/ext/physiqex_mod.F90 . ;; Frejus) wget https://lmdz.lmd.jussieu.fr/pub/install_phyex/Frejus/physiqex_mod.$version_physiqex cp physiqex_mod.$version_physiqex physiqex_mod.F90 ;; Lege) cd ../.. wget https://lmdz.lmd.jussieu.fr/pub/install_phyex/Lege/phyex_patch_05062024.tar tar xvf phyex_patch_05062024.tar cd - ;; Paris) cd ../.. # wget https://lmdz.lmd.jussieu.fr/pub/install_phyex/Paris/phyex_patch_09042026.tar # tar xvf phyex_patch_09042026.tar # wget https://lmdz.lmd.jussieu.fr/pub/install_phyex/Paris/phyex_patch_20260422.tar # tar xvf phyex_patch_20260422.tar wget https://lmdz.lmd.jussieu.fr/pub/install_phyex/Paris/phyex_patch_20260512.tar tar xvf phyex_patch_20260512.tar cd - ;; *) echo cas non prevu ; exit 1 esac touch physiqex_mod.F90 # Pour forcer la recompilation # PATCH SI ON NE COMPILE PAS AVEC ECRAD if [ $svn_rel -le 4836 ] ; then # Avant la version de mars 2024 ln -s ecrad/yom* ecrad/abor1.F90 ecrad/abor1.intfb.h ecrad/parkind1.F90 . else ln -s ecrad/ifsaux/yom* ecrad/ifsaux/abor1.F90 ecrad/include/abor1.intfb.h ecrad/ifsaux/parkind1.F90 . #ln -s ecrad/drhook/yomhook_dummy.F90 . fi if [ -f $phyex/src/lmdz/ext/yomhook.F90 ] ; then if [ "$rad" != "ecrad" ] ; then ln -sf $phyex/src/lmdz/ext/yomhook.F90 . fi fi if [[ $ON_A_NETTOYE_LES_NOMS_DE_FICHIERS_DIRECTEMENT_DANS_PHYEX == 0 ]] ; then mv modd_dimphyexn.F90 modd_dimphyex.F90 for name in `grep -i 'END MODULE' modd*n.F90 | cut -d: -f1 | sed -e 's/n.F90//'` ; do mv ${name}n.F90 ${name}_n.F90 ; done mv hypgeo.F90 modi_hypgeo.F90 mv hypser.*90 modi_hypser.F90 mv tools.F90 mode_tools.F90 if [ -f momg.F90 ] ; then mv momg.F90 modi_momg.F90 ; fi if [ -f shuman_phy.F90 ] ; then mv shuman_phy.F90 mode_shuman_phy.F90 ; fi if [ -f shuman_mf.F90 ] ; then mv shuman_mf.F90 modi_shuman_mf.F90 ; fi # Nettoyé dans les dernières versions fi } # Running LMDZ_phyex simulations # ============================== function running_phyex { ############################################################ echo RUNING 1D CASES WITH LMDZ AND LMDZ-PHYEX echo Results in $lmdzdir/1D/log.$$ ############################################################ cd $lmdzdir/1D sed -i'' -e 's/^listedef=.*$/listedef="PHYLMD PHYEX"/' run.sh time ./run.sh > log.$$ 2>&1 wget https://web.lmd.jussieu.fr/~hourdin/phyex/compare.sh bash compare.sh >> log.$$ 2>&1 if [ -f arm_cu.gif ] ; then echo Visualise 1D results in $PWD/arm_cu.gif else echo Something went wrong with the 1D test echo check in $PWD/log.$$ fi if [ $lancer_le_3D -le 1 ] ; then echo Running 3D bench cd ${lmdzdir}/modipsl/modeles/LMDZ/ if [ ! -d DEF ] ; then echo 3D pas prevu else echo "./makelmdz_fcm -rad $rad -arch local -j 8 -d 32x32x39 -v false gcm" > compile.sh chmod +x compile.sh bash ./compile.sh > log.$$ 2>&1 if [ $? = 0 ] ; then cp -f bin/gcm.e DEF/gcm.e else echo 3D compilation failed echo look in $PWD/log.$$ exit fi if [ $rad == ecrad ] ; then cp -f DefLists/namelist_ecrad DEF/. ln -s ../libf/phylmd/ecrad/data DEF/. cp -f DEF/physiq.def.ecrad DEF/physiq.def fi cd DEF/ echo running 3D test echo outputs in `pwd` echo log file and phys.nc containing the results of the simulation ./gcm.e > out 2>&1 fi fi } main